四川足球俱乐部是四川省冠城解散后，四川省体育局于2006年2月成立的一家全新的足球俱乐部。翟彪，前国脚，曾效力于四川全兴，是四川足球俱乐部的首任主教练。这个团队从未得到过主要赞助商的赞助。俱乐部由四川省足球协会出资作为新俱乐部股东，出资210万元，四川省体育产业发展公司出资90万元。
这个寄托了四川球迷希望的年轻四川足球俱乐部，在四川十运会上补充了不少男足队员。该队于2006年参加中国足球第二赛区，获得南区第五名，但未能进入决赛阶段。
2007年9月14日，俱乐部由四川省足球协会独资经营改制为股份制俱乐部，获得中国足球二级联赛亚军，升级为中国足球一级联赛，同时，四川瑞远道科技有限公司与四川省足球协会共同出资成立四川省足球俱乐部，为振兴四川足球、完成三年超车做出了巨大努力。
2008年，球队迁至南充体育中心。
2009年，面临巨大经济困难的球队以低廉的租金将主场迁至四川大学体育场。因为经济困难，传祖负担不起外援。联赛上半场，他只能带全华班参加A班，不幸降级。2009年底，球队迁至都江堰市，主会场也设在都江堰市凤凰体育中心。
2010年意乙联赛开始，川祖在前几轮就能够大踏步前进，一度位居南区第一。但由于收入等原因，大量球员流失，以至于在联赛后半段，川祖最终获得南区第四名，未能进入总决赛。2010年意乙联赛结束后，球队一度因为缺钱缺人而面临解散。
2011年4月，俱乐部一分为二。球队投资方美联社宣布放弃投资球队，与四川足协联合成立四川全运会队，以“四川足球俱乐部四川大队”名义参加二级赛区；然而，原球队的主要成员被Xi安的一家企业投资，并成立了新的四川都江堰新宝足球俱乐部，还参加了乙级联赛。
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