前214年，秦朝出兵平定百越，设立南海郡，正式将香港纳入版图。从203年前开始，香港就归南越管辖。直到111年前西汉灭南越，香港再次被中原王朝统治。此后，香港划归秦、汉、三国时期，东晋初年的时间，番禺县管辖。331年至756年，该地区归宝安县管辖。从757年开始，历经五代、宋、元，直到明穆宗在隆庆居住六年(1572年)，该地区归东关县管辖800多年。小规模的盐池也得到了发展。901年，新界五族原居民开始在香港定居。东汉、东吴、西晋、东晋初以后，香港仍属番禺县。东晋咸和六年(331年)起，该地区归宝安县管辖。东晋末年，当地起义领袖鲁迅率领部下在刘裕的征服下逃往大屿山定居。此后，香港由南朝和隋朝的政权统治。
南海县
唐朝以来，随着广州对外贸易的发展，香港开始有了明显的发展。736年(唐开元二十四年)，香港设屯军镇，派驻2000人保护海上贸易。当时军队驻扎在今天的屯门，因此得名。从唐肃宗到德国的第二年(757年)，香港被改为东莞县。唐昭宗光华四年(901年)，新界五族的原始居民开始在香港定居。
五代十国时期，由于大埔盛产珍珠，南朝刘氏家族于963年建立了一个官办的珍珠养殖场，名为梅川都。宋太祖赵匡胤南汉灭后，官方禁止采集珍珠。然而到了971年，朝廷恢复采珠，在官塘设官富田，盐官一直驻扎到南宋末年。直到元朝，官珠才被重新收集，但遭到士绅的反对，很快又停止了
香港有很长的海岸线，所以香港很多地方都适合建设盐田。1971年(北宋开宝四年)，九龙湾设立官富农场，派驻盐官制盐，协调所有小盐场。1183年(南宋孝宗惜春十年五月二十九日)，大溪山(今大屿山)的私盐被禁，引发了公元1197年(南宋宁宗庆元三年)大溪山的一场暴乱。
雅山海战
南宋末年，住在宋端宗的史昭和住在宋朝的赵敏两位年轻的皇帝，被元军逼逃到了香港。据说他们在土瓜湾的一块大石头上休息，这块石头叫宋王台。后来，宋闵皇帝在梅魏登基。被元军追赶后，经浅湾渡海路至新会。但今天船驶到广东新会崖门时，被元军赶到，于是卢秀福带着8岁的赵敏跳海身亡。
明代，香港商业贸易逐渐繁荣，人口也有所增加，成为重要的海防地区。当时明朝在这里设防，主要是防御日本、葡萄牙和荷兰侵略者。明朝中期，广东沿海有三种海上巡逻方式，为日本忠臣做准备。其中，中路“起于东莞县南头市，止于佛堂门、十字门、冷水角珠澳”。佛寺大门位于香港，明显属于中路防守区域。万历时期香港、赤柱、黄泥涌、尖沙咀等地名已标注在《广东沿海图》。
此外，香港在明朝时期盛产和出口香木。这种香木属于官香，又叫女儿香，曾风靡广东、江苏、浙江等地。据说“香港”这个名字起源于孟加拉语
香港在中西外交关系史上也占有一席之地。法意(今葡萄牙)将军安德拉德()于1516年率船队来华，次年8月15日到达珠江口与明代广东地方官员接触，这是葡萄牙与明朝的第一次官方接触。事实上，早在1514年(明朝郑德九年)，葡萄牙就出兵占领了屯门，控制了香港的屯门和后海湾七年，并在那里竖起石柱，上面刻有国徽，以示占领。明军于1521年(郑德十六年)对葡作战，称为屯门海战。战斗持续了40天，葡萄牙军队陷入苦战，最终狼狈返回马六甲。次年4月，葡萄牙军队派出一支由6艘军舰组成的舰队，企图重新占领屯门。8月，两军在大西山前曹湾附近对峙。战斗从卢比亚湾海面一直打到韶州海面，最终明军取得了巨大的胜利。
屯门海战
清代香港归新安县管辖。为了防止沿海居民援助明朝前大臣郑成功，清廷于1662年(康熙元年)下令出海，沿海居民不得不向内地迁徙50里，从而失去家园。加上海禁的实施，香港受到了严重的影响。移居大海后，渔业和盐业被放弃，农村荒芜，沿海居民因移居大海而遭受巨大痛苦。广东巡抚王来仁、广东巡抚周有德要求恢复边境。1669年(康熙八年)，朝廷终于允许边界恢复，这一带的居民陆续迁回。因此，在上水，新界五族设立了一座报德敬奉两位先生的庙，在金田，邓族与纣王二宫书院一起设立了一座纣王二宫庙，每十年演奏一次，以示感谢。
管涌战役
清朝中期，随着清朝与外国的接触增多，靠近当时贸易中心广州的香港也成为了各国商船的停靠点之一，其中以瀑布湾最为著名。朝廷也加强了对香港的军事防御，如设立管涌堡。1839年6月20日，林案发生在九龙尖沙咀村。英国水手喝醉了酒，在村子里闹事，杀死了村民林。林则徐要求英国商业导演陆毅交出凶手，但陆毅本人却轻判。这一事件因此成为第一次鸦片战争的导火索，为割让香港奠定了基础。同年11月，中英之间爆发了一场穿鼻战，英军战败后逃回尖沙咀。林则徐命令驻扎在尖沙咀附近管涌(今约旦)的军队进行反击，最终成功将英军驱逐出尖沙咀，史称管涌战争。
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