1949年，蒋介石撤退到台湾省，第一次住在台湾省。为了应付陈诚的逼宫，他急需军事支援。同时，为了争取美国的援助，争取军队中的非黄埔将领，他任命孙立人担任更高的职务。1949年8月，孙立人被任命为国民党东南军政公署副司令员兼台湾省防务司令。1950年3月，升任台湾省国民党政府陆军总司令兼保安司令。同年，他出席全军官兵大会并发表讲话，支持蒋复业。到1951年4月，台湾、彭州各单位的10个军已经训练训练了一年，从一群刚到台湾的没有纪律、装备差的败军，大部分俘虏了壮士，变成了组织严密、装备精良、训练有素、战斗力极强的军队。1951年5月，“空军司令员”周至柔和“海军司令员”桂永清同时晋升为陆军二等上将。他们同意在“反攻大陆”后佩戴第三颗星。
孙立人任“陆军总司令”时，蒋经国任“国防部总政治部”主任，在军队中建立所谓“政治工作制度”，强化特务统治，企图控制军队。对这种政治把戏不感兴趣，蒋和孙之间因为控制军队而发生了矛盾。与此同时，国民党内部还有很多军政派系，他们是内斗中的所谓圈内人，外战中的外行。孙立人务实、尽责、公正，得罪了蒋经国、孟鹏政工系统、黄埔系陈诚、周至柔等各派，成为众矢之的。蒋经国想借鉴苏俄的做法，在军队中控制其政工制度，但政工人员素质较低，遭到孙立人的抵制。然而，陈诚和周至柔感到沮丧的是，黄埔系是他们土木工程系的主导部门，但孙立人是军队的总司令，反对将军队分成派系。
除了各部门对孙的攻击外，蒋介石无法容忍所提倡的军队国有化的理想。蒋视国军为自己的私人军队，孙立人希望国军收归国有，这难道没有威胁到蒋的独裁吗？然而，孙本人并没有看清楚他对蒋介石的忠诚，反而与他对国家的忠诚发生了冲突。因此，在针对他的“孙立人兵变”案件发生之前，他仍然不知所措。
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